横跨7个物种，66种疾病！西南交大郭志云团队发布染色体外环状DNA注释与分析平台 | Brief Bioinform

染色体外环状DNA（extrachromosomal circular DNA, eccDNA）是一大类非线粒体和非质粒环状染色体外DNA，其中较长的eccDNA往往被特指为ecDNA。ecDNA可包含全长癌基因与调控区域，在肿瘤发生、癌基因扩增、免疫应答等多个方面发挥着不可或缺的作用。相反，一般eccDNA往往较短，不含完整基因，但可循环进入血液，因此为癌症的监测、早期诊断和预测提供了新的视角。随着eccDNA尤其是ecDNA研究的深入，该领域迫切需要一个全面的eccDNA/ecDNA整合、预测、注释与分析平台来助力相关人员开展研究工作。

近日，西南交通大学郭志云团队在国际权威学术期刊Briefings in Bioinformatics在线发表了题为“eccDNA Atlas: a comprehensive resource of eccDNA catalog”的文章（2022 IF: 13.994）。论文通讯作者为郭志云老师，硕士研究生钟腾纬、王问晴为论文共同第一作者。

文章发表在Briefings in Bioinformatics

该论文介绍了团队开发的eccDNA Atlas数据库（http://lcbb.swjtu.edu.cn/eccDNAatlas）。目前，eccDNA Atlas包含从文献中收集的629,987个eccDNA和8,221个ecDNA，以及基于全基因组测序（WGS）计算识别的1,105个ecDNA，共涉及7个物种，66种疾病、57个组织和319个细胞系。eccDNA Atlas主要包含浏览、检索、分析、下载、数据提交、统计等功能（图1）。

图1. eccDNA Atlas构建流程图。

eccDNA Atlas主要的功能模块：

eccDNA /ecDNA数据浏览，包含eccDNA/ecDNA位点、序列、功能、特征等信息。
eccDNA /ecDNA数据检索。用户可按照疾病、实验策略、细胞系/组织、基因组区域、癌基因进行搜索。
分析与注释功能，包含BLAST、基因表达、功能、生存分析、调控网络分析、基因组浏览、基因注释、增强子/超级增强子注释、SNP位点分析、CTCF结合位点注释、染色体可及性与eQTL分析。

图2. eccDNA Atlas原理图。

团队介绍

郭志云课题组长期致力于通过干湿结合的方法对肿瘤调控机制进行研究。研究兴趣主要围绕基因组、表观遗传组学、转录组等多组学数据，通过生物信息学与分子生物学手段对肿瘤中的关键调控因子（如增强子、ecDNA、转录因子等）进行机制与功能研究。目前以第一作者或通信作者在Bioinformatics等专业期刊发表论文30余篇。该课题组已经建立了多个增强子、eccDNA研究相关数据库平台，如：增强子数据库EnhancerDB、癌症转录因子数据库TFcancer、组织特异性增强子数据库TiED、增强子介导的前馈回路数据库EnhFFL等。

对基于多组学的肿瘤生物信息学研究感兴趣的同学可发送C.V.至：[e-mail]（郭志云），共同发展，共同进步！

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参考文献：

[1] Zhong, T., Wang, W., Liu, H., Zeng, M., Zhao, X., & Guo, Z. (2023). eccDNA Atlas: a comprehensive resource of eccDNA catalog. Briefings in bioinformatics, bbad037. Advance online publication. https://doi.org/10.1093/bib/bbad037 

[2] Guo, Z., Maki, M., Ding, R., Yang, Y., Zhang, B., & Xiong, L. (2014). Genome-wide survey of tissue-specific microRNA and transcription factor regulatory networks in 12 tissues. Scientific reports, 4, 5150. https://doi.org/10.1038/srep05150 

[3] Kang, R., Tan, Z., Lang, M., Jin, L., Zhang, Y., Zhang, Y., Guo, T., & Guo, Z. (2021). EnhFFL: A database of enhancer mediated feed-forward loops for human and mouse. Precision clinical medicine, 4(2), 129–135. https://doi.org/10.1093/pcmedi/pbab006

[4] Kang, R., Zhang, Y., Huang, Q., Meng, J., Ding, R., Chang, Y., Xiong, L., & Guo, Z. (2019). EnhancerDB: a resource of transcriptional regulation in the context of enhancers. Database : the journal of biological databases and curation, 2019, bay141. https://doi.org/10.1093/database/bay141

[5] Huang, Q., Tan, Z., Li, Y., Wang, W., Lang, M., Li, C., & Guo, Z. (2021). Tfcancer: a manually curated database of transcription factors associated with human cancers. Bioinformatics (Oxford, England), btab405. Advance online publication. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btab405

点击下方“阅读原文”，直接进入eccDNA Atlas数据库

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